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1、是扁平和直線、分權和集權的統一。在我國券商發展的初期，都是實行直線管理，權力高度集中，基層工作必須層層上報。面對證券市場和券商業務的高速發展，高度的權力集中造成基層業務開展緩慢，跟不上市場節奏。因此，券商必須調整組織結構，實現權利的下放和信息的直接反饋，力求對市場變化以最快的速度反應。當然實行這種組織結構，市場應對速度是加快，但同時也會帶來問題：業務開拓和管理權利的過度結合造成造假和經濟犯罪率的提高，一些券商的基層部門和機構利用手中權力牟取私利，造成巨大損失。但這并不可怕，重要的是風險監控，而不是一味的上收權力。證券公司可以采取扁平與直線的統一：即業務開拓上采取扁平化，而業務風險監控采取直線化。也就是說在前者上分權，在后者保持高度集權。這樣，既能促進業務的靈活性，又能有效控制金融控股公司經營風險。
2、組織結構調整可以重塑管理流程。我們知道，為防范單個業務波動帶來的經營風險，國外一流券商業務收入的結構比較均衡，而且非常重視各業務、管理部門之間的合作，充分利用公司整體資源。而國內90%以上券商的技術和管理體系還停留在證券業發展的初級階段，對這些現代化的企業資源整合體系和流程管理系統缺乏認識，若要革新盈利模式，提高與國際券商競爭的實力，就須利用金融控股調整組織結構，再造企業管理流程。組織結構創新的券商，需要對原先由公司統一管理的責權利分配到現在獨立核算的分支里，相應的管理權力和流程也要發生改變，管理流程扁平化。
“扁平式”的業務組織結構層次較傳統類型的組織要少,從公司最高領導到最底層員工的管理路徑較短,而其管理幅度比一般的組織要寬,與傳統的"金字塔"式組織結構圖相比,這種組織結構顯得較為扁平。由于信息傳遞的層次較少,信息在組織上下層次中流動的速度明顯加快,從而提高了組織對外界變化的反應能力。在組織結構變革中，我們應注意各子公司的主要業務及特色要求。調整的組織結構必須具有以下幾個特征：
公司內部業務相關的部門進行歸并,使組織結構“扁”化。取消不必要的中間管理層次,使組織結構趨“平”。
適當下放經營決策權,使業務單元能根據外部環境的變化適時進行自我調整。
提高管理者的管理能力與業務素質,以適應管理幅度增加后對管理者提出的高要求。
推行團隊化的工作方式,業務由一個個相對全能化的小團隊來進行。
控股內部信息傳遞通暢、快速化。
內部協調和諧、制度化；各專業子公司業務專
一、特色化。
各子公司主要業務及特色要求
控股公司各子公司
子公司主要職責
子公司的特色
證券經紀公司
證券買賣服務
改變原有營業部模式，轉向以非現場交易為主，降低成本。
證券資產管理公司
委托理財
改變向客戶承諾收益的保證以降低風險。
證券研究公司
向各子公司提供研究支持
研究成果與業務結合，拓展研究領域，進行創新性研究
投資銀行
向客戶提供企業上市改制、收購、兼并等服務
借股權改制東風，形成自己特色，形成重要利潤來源。
創業投資公司
面向有潛力的項目提供風險投資
注意項目的可行性與風險性。
金融參股公司
參股銀行、保險業務并負責管理其資產
加強與其他金融業務的聯系，為將來的大混業經營做準備。
二、借助證券公司組織結構變革，實現業務流程再造
1、經紀業務。調整證券公司組織結構時可以實現經紀業務的轉型。經紀業務轉型主要從兩個方面進行，一是對營業部結構進行調整，如撤并或搬遷一些原來布局不合理的營業部，或減少營業場所的面積，降低營業部的固定成本以及通過減薪裁員節約人力成本支出等，二是轉變服務觀念與競爭策略，以提高客戶服務水平等軟件入手，推進營業部職能向客戶服務和產品營銷轉型，并加快推進網上交易，注重銀證合作、實現低成本擴張。同時還要加深同投行業務、資產管理、證券研究等其他子公司資源的協作與整合。
2、投行業務。投行業務是我國券商業務中最需要，也是最能夠擴展空間的業務。當今國際大券商的投行業務包括證券承銷、并購、私募發行、風險投資、衍生產品、項目融資、資產證券化、租賃、證券抵押融資、咨詢服務，但是我國券商在這項業務上開展的深度不夠，業務也相對單一。通過其組織結構變革，使投行業務子公司化，將使其專業化程度更高，增強投行能力，拓展業務范圍。投行業務必須緊緊把握經濟改革市場化的主旋律和熱點，積極開展適應未來國際化競爭的創新業務品種。如我國現正在進行的股權分置改革，其中相當一部分國有股需要轉化為非國有股。券商投行在其中可以提供并購、重組等財務顧問服務，形成投行新的盈利點。
3、資產管理業務。資產管理一直是我國券商積極拓展的業務，在傭金制度改革后，投行業務受通道限制增長有限的背景下，券商在資產管理業務這方面下了更多力氣，資產管理業務正在成為券商最有潛力的利潤來源之一。借助資產管理制度變革提升這一業務的附加值，已到了迫在眉睫的階段。市場轉型后，暴利階段一去不返，保底的資產管理反而成為券商沉重的包袱，券商必須改變資產管理的運作方式。券商金融控股化后可將資產管理業務進行基金化運作，以服務獲取收入，采取中介的姿勢，避免市場波動給整個企業帶來的經營風險。券商還可與銀行、基金公司等其他金融機構合作，爭取最大的客戶群體，可以借鑒信托投資公司，實行項目資產管理的創新。資產管理者首先進行證券市場上投資項目的設計，然后以項目投資計劃書的形式，向投資者進行推介，為該項目展開籌資，在籌資成功后，開始實施項目投資計劃，項目運作完成后，按事先約定的方式進行收益分配。
三、調整證券公司組織結構，可以實現“價值鏈”重構
證券公司原先存在的價值鏈相當穩定，但環境變數突變后，公司結構進行調整時，這些價值鏈開始被壓縮、斷裂和重新整合。在這種背景下，企業在產業價值鏈躍遷中開始使用新的、非傳統的標準，這些產業價值鏈源于提高資本收益率、加強戰略控制能力、加強創新設計和強化客戶關系。對于券商而言，原先的支柱倒塌后，以咨詢為主的業務和承受過多市場風險的資產管理業務是其主要的薄弱環節。券商應當通過組織結構變革拓展投資咨詢業務的力度，對資產管理業務進行轉型和風險控制。另一方面，在很長的一段時間內，經濟、技術、客戶、投資水平和競爭行為出現一些逐步細小的變化，能引起價值鏈在盈利方面的無數變化。當利潤變量增加時，鏈條不同部分的相對重要性變化，一些資源的表現在驅動整個體系的變化中發揮的作用越來越重要。對于價值創造者的主要挑戰就是在發現利潤和力量源轉移的時候，用經濟的顯微鏡來透視價值鏈上的每一個環節。對于券商而言，需要利用其結構調整時機對原有價值鏈上的資源進行整合，才能取得市場先機，通過組織結構變革，我們可以較兩種盈利模式的不同特點。
原有公司結構盈利模式的特點：過分依賴于經紀業務與自營業務，其他業務不強，靠天吃飯；業務與業務之間聯系性不強，形成斷裂；券商屬于主動性投資，風險很大。
現有公司結構的盈利模式的特點：利潤來源多樣化，改變靠天吃飯的局面；各項業務之間聯系緊密，信息傳遞通暢；券商以提供特色服務獲取利潤，風險較小。
實際上在對證券公司進行結構調整同時，也是對價值鏈進行了四方面調整。
1、對現有通道業務進行深化和拓寬。如在股票交易通道以外引入開放式基金的申購與贖回。券商憑借營銷、服務、客戶等方面的比較優勢，日益成為開放式基金銷售的重要渠道。券商在基金銷售業務存在較大發展空間：一方面，開放式基金剛起步，其作為未來主流基金品種前景廣闊；另一方面，從國外情況看，通過券商代銷開放式基金成為基金銷售的主要渠道，尤其在基金業最發達的美國，券商代銷占整個開放式基金銷售的40%左右。
2、對獨立于通道的已有業務進行強化和提升。典型的如理財顧問、財務顧問、資產管理、投資咨詢、私募發行等，其中并購顧問業務有望成為券商新的利潤增長點。最近幾年高盛和摩根斯坦利并購收入占其投行收入的40%以上，占公司總收入的8%左右。隨著我國股權分置改革的完成，上市公司以市場化為取向、融入國際產業整合為目標的新一輪并購重組悄然興起，隨著外資并購的大量興起以及區域性重組的升級，券商將面臨前所未有的并購業務機會。券商應改變以往關注績差、虧損、小盤公司的做法，重點關注行業龍頭公司、國有資產退出公司、與外資建立戰略關系的上市公司以及有外資法人股的B股、H股公司，同時完善后續服務，提供相關的管理咨詢服務。
3、對不依附于通道的創新業務有所預備和開發。這里主要指銀證合作、貨幣市場帳戶等。典型的如1977年美林證券與地方銀行合作開發的“現金管理帳戶”（CMA）。該帳戶將銀行活期存款、證券投資、清算以及余額通知等多種服務融為一體，實現委托理財業務的標準化、產品化。美林證券憑借CMA帳戶在5年內擴大50多萬個資產管理帳戶，使其成功應對浮動傭金制和銀行業務滲透的挑戰。后來，CMA升級到集交易和理財于一體的無限優勢帳戶，加快向費用盈利模式的轉變。
4、從產業鏈角度看，需要加強策略聯盟，通過組織結構調整可以提升證券業的集中度。從長遠來看，我國券商只有融入到全能化的金融集團之中，才能獲得更大的發展空間，才會擁有足夠的實力去與國際金融大鱷競爭。現階段要加強與銀行、保險公司、信托公司的合作與聯盟，積極與銀行合作開發創新金融產品和服務如開展同業拆借、銀證轉帳、存折炒股、客戶信用資料、過橋融資等業務合作。在證券業內部，加速券商規模化、集團化發展，壯大券商的綜合實力，組織金融控股公司在我國顯得更為迫切。通過市場化購并進行整合，不僅可以使券商以最快的速度做大做強，而且可以避免券商之間的無序競爭，優化券商資源配置，降低運作成本，提高我國證券業的整體實力。