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1.組織成立了由醫院、機關領導組成的指揮機構——醫院手足口病防治工作領導小組，下設手足口病防治工作辦公室和手足口病防治技術指導組并在院黨委的指導下負責監督、協調、落實手足口病防治的各項具體工作，包括制定疫情報告制度、防治工作方案以及預防控制等措施。

2.手足口病防治辦公室的職責是加強醫院與地方行政部門之間手足口病防治工作的組織協調，積極參加相關的聯系會議以及信息溝通，及時獲取駐地疫情信息、掌握地方防控政策和要求。同時負責醫院手足口病防治工作的協調以及溝通疫情信息工作，辦公室每日16：30要通過指定網絡向上級疾控部門報告當日本院收治疫情。

3.防治技術指導組是由以兒科、傳染科、門診、急診、檢驗科和感染控制科等相關科室專家為骨干所組成，其工作內容和職責負責防治工作的技術指導、咨詢以及重癥病例的救治和疑難病例的診斷。同時設立專用的兒科發熱門診，并在該診室前端設置預檢分診臺，對手足口病進行嚴格的預檢分診和監測，對于直接持卡到各診室就診的兒童，分診護士和主診醫生應安排就診者到預檢分診臺分診；若是在非正常門診時間，急診科發現可疑病例要主動將病人轉到兒科急診專用診室就診或者請兒科專家會診。一旦確診手足口病，首診醫師應按照醫院傳染病報告程序及時嚴格上報。兒科門診和急診科每日16點上報當日接診情況以及符合留觀和住院標準的病例，要及時報告防治辦公室并安排留觀和住院；遇重癥病例，應邊實施搶救，邊向防治辦公室報告。

為做好手足口病防治工作，醫院適時組織醫務人員培訓，提高醫務人員診治能力并利用宣傳教育普及手足口病防治知識。要求接觸過手足口病人或疑似病人的診室、醫護人員要做好消毒工作并單獨隔離重癥患兒，發現手足口患者聚集性增多或死亡病例時，立即向衛生行政部門和疾控機構報告。