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隨著企業改革的不斷深化，企業投資、改組業務層出不窮，國家稅務總局先后制定了《關于印發<企業改組改制中若干所得稅業務問題的暫行規定>的通知》（國稅發[1998]97號）和《關于企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》（國稅發[2000]118號），對解決企業股權投資、改組過程中的企業所得稅問題進行了明確，由于股權投資的處理比較復雜，而且前后兩個文件對于股權投資處理的所得稅政策規定又有變化，因此，在執行中，我們發現有的企業在進行投資業務的企業所得稅處理上出現了一些問題，現結合工作中遇到的具有代表性的案例提出解決辦法如下。
[案例1]母公司對子公司賬面長期投資491萬元，持股比例為100%，該長期投資系多年前投入，一直采用成本法核算。2000年，子公司進行股份制改造，由會計師事務所進行審計，經審計后的所有者權益為3000萬元（子公司成立后未進行過利潤分配），母公司根據審計結果調增長期投資，會計分錄如下：
借：長期投資25090000（3000萬元-491萬元）
貸：年初未分配利潤25090000
審計后，子公司又進行了資產評估，評估后，確認所有者權益為4100萬元，即增值1100萬元，母公司做如下會計分錄：
借：長期投資11000000
貸：資本公積11000000
子公司根據協議，按凈資產1：1進行折股（即公司實收資本變為4100萬元），之后，母公司將股權轉讓64%（還剩余36%），實現收入2624萬元，全部以現金收回，母公司賬務處理如下：
借：銀行存款26240000
貸：長期投資26240000
由于獲得了轉讓收入，母公司計算應繳納的企業所得稅（該企業為北京市新技術產業開發實驗區內企業，當年按15%稅率征收企業所得稅），企業認為應僅就評估增值納稅，于是，計算出應納所得稅額為：
1100×64%×15%＝105.6（萬元）
筆者認為這樣計算是不正確的，按照《國家稅務總局關于企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》（國稅發[2000]118號）規定，企業股權投資轉讓所得或損失是指企業因收回、轉讓或清算處置股權投資的收入減除股權投資成本后的余額。企業股權投資轉讓所得應并入企業的應納稅所得，依法繳納企業所得稅。
確認股權投資轉讓所得的關鍵是如何確定股權投資轉讓的收入和股權投資成本，此例中，股權投資轉讓的收入很顯然是2624萬元，那股權投資成本呢，按照《企業所得稅稅前扣除辦法》（國稅發[2000]84號）第七條規定：納稅人的存貨、固定資產、無形資產和投資等各項資產成本的確定應遵循歷史成本原則。也就是計稅投資成本為初始投資成本，是投資者入股時向企業實際交付的出資金額。此例中，轉讓64%股權部分對應的股權投資成本應為314.24萬元（491×64%），而不是母公司的會計投資成本，母公司的會計投資成本已由491萬元增加到4100萬元。
因此，正確的計算過程應為：
[2624-（491×64%）]×15%＝346.464（萬元）即企業用轉讓收入2624萬元減去其對應的計稅投資成本314.24萬元（491×64%），乘以企業適用的所得稅稅率。
[案例2]A公司對甲公司投資491萬元，持股比例為50%，甲公司2000年實現凈利潤100萬元，截至2000年底，甲公司共有累計未分配利潤和累計盈余公積50萬元，2000年分配方案為派發現金紅利200萬元，并于2001年4月實施，A公司按持股比例取得100萬元。2001年7月，A公司將對甲公司的股權進行轉讓，取得轉讓收入400萬元。
根據上述經濟業務，A公司會計分錄如下：
投資時：
借：長期投資4910000
貸：銀行存款4910000
甲公司進行利潤分配時：
借：長期投資1000000
貸：投資收益1000000
2001年4月，收到股利時：
借：銀行存款1000000
貸：長期投資1000000
2001年7月，股權轉讓時：
借：銀行存款4000000
投資收益910000
貸：長期投資4910000
據此，A公司計算轉讓所得為：400-491=-91（萬元），即投資損失91萬元。
于是，A公司向稅務機關提出申請，要求將91萬元作為投資損失在稅前于以扣除。
我們認為這樣處理是不對的，按照《國家稅務總局關于企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》（國稅發[2000]118號）規定，被投資企業對投資方的分配支付額，如果超過被投資企業的累計未分配利潤和累計盈余公積金而低于投資方的投資成本的，視為投資回收，應沖減投資成本。
甲企業2000年實現凈利潤100萬元，共有累計未分配利潤和累計盈余公積金50萬元，當期卻分配了20O萬元，超過當年凈利潤、累計未分配利潤和累計盈余公積金的50萬元（200-100-50），應視為股東的投資收回，也就是說，A公司的投資成本已變成466萬元（491-50×50%），股權轉讓后，A公司應確認的投資損失應為66萬元（466-400），也就是允許稅前扣除的投資損失為66萬元。