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《臨床檢驗雜志》2014年第六期
1對象與方法
1.1TaqMan探針熒光定量PCR分型技術按照TaqMan探針試劑盒(上海天昊公司)說明書操作,檢測CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A位點多態(tài)性。PCR反應體系為6μL,包括Mastermix3μL,TaqMan探針(40×)0.05μL,模板DNA2μL,滅菌ddH2O補足至6μL。循環(huán)參數(shù):95℃預變性10min;95℃10s,65~55℃15s(每個循環(huán)下降0.5℃),60℃15s,共20個循環(huán);95℃10s,60℃30s,共25個循環(huán);從60℃開始以0.06℃/s緩慢升溫到61℃,用7500熒光定量PCR儀及自帶軟件(ABI公司)進行熔解曲線分析并判讀野生純合子、突變純合子和雜合子。
1.2DNA測序PCR擴增反應體系為10μL,包括10×PCR緩沖液1.0μL,上、下游引物各1.0μL,模板DNA1.0μL,0.2UTaqDNA聚合酶,用滅菌ddH2O補足至10μL。循環(huán)參數(shù):95℃預變性10min;95℃15s,60℃60s,72℃45s,共40個循環(huán);72℃延伸5min。PCR產物經蝦堿酶(SAP,Promega公司)和外切核酸酶Ⅰ(ExoⅠ,Epicentre公司)純化后用ABI3130測序儀(ABI公司)測序。SNP分型用GeneMapper4.0軟件(AppliedBiosystems公司)進行分析。
1.3統(tǒng)計學分析用SPSS11.5統(tǒng)計軟件進行。基因型和等位基因頻率用直接計數(shù)法計算,各組間基因型及等位基因頻率比較用χ2檢驗,以P<0.05為有統(tǒng)計學意義。
2結果
2.1CR1基因型檢測結果經TaqMan探針實時熒光PCR檢測,CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A位點多態(tài)性的SNP分型結果顯示,rs2296160C/T位點檢測到CC、CT和TT3種基因型;rs2274567G/A和rs4844600G/A位點均檢測到GG、GA和AA3種基因型;DNA基因測序進一步證實本實驗結果。見圖1。
2.2CR1基因多態(tài)性在廣西百色地區(qū)壯族健康人群中的分布計算本研究對象中CR1基因型和等位基因頻率,經χ2檢驗,CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A位點的基因型及等位基因頻率均符合Hardy-Weinberg遺傳平衡(P>0.05),說明所選的研究樣本具有群體代表性(表1)。其中rs2296160C/T位點基因型以CC型和CT型最為常見,其等位基因以C型頻率最高,占67.3%;rs2274567G/A位點基因型以GA型多見,其次為AA型和GG型,其等位基因以A型頻率最高,占53.1%;rs4844600G/A位點基因型以GA型多見,占47.9%,其等位基因以G型頻率最高,占61.6%。CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A3種多態(tài)性基因型頻率在男、女性別間差異無統(tǒng)計學意義(P=0.591、0.293和0.525);而等位基因頻率在男、女間差異亦無統(tǒng)計學意義(P=0.310、0.122和0.268)。表明廣西百色地區(qū)壯族人群中CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A位點存在多態(tài)性,而這種多態(tài)性的基因型或者等位基因頻率在男、女性別間比較差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05)。見表1。
2.3CR1基因多態(tài)性在不同種族人群間的比較廣西壯族人群CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A多態(tài)性分布頻率與人類基因組計劃(www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/)公布4個人群(歐洲人、非洲人、日本人和北京人)的SNP分型數(shù)據(jù)進行比較,結果顯示CR1基因rs2296160C/T多態(tài)性的基因型與歐洲人、非洲人、日本人和北京人比較,P分別為0.018、0.000、0.582和0.767,而等位基因的分布頻率在與歐洲人、非洲人、日本人和北京人群比較,P分別為0.015、0.000、0.408和0.475;CR1基因rs2274567G/A多態(tài)性的基因型頻率與歐洲人、非洲人、日本人和北京人群比較,P分別為0.000、0.000、0.264和0.433,而等位基因的分布頻率與歐洲人、非洲人、日本人和北京人群比較,P分別為0.000、0.000、0.323和0.219;CR1基因rs4844600G/A多態(tài)性的基因型頻率與歐洲人、非洲人、日本人和北京人群比較,P分別為0.000、0.000、0.153和0.409,而等位基因的分布頻率與歐洲人、非洲人、日本人和北京人群比較,P分別為0.000、0.000、0.054和0.245。廣西壯族人群CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A3種多態(tài)性基因型和等位基因的分布頻率與歐洲人和非洲人群比較差異有統(tǒng)計學意義(P<0.05),而與日本人、北京人群比較差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05)。見表2、3、4。
3討論
紅細胞CR1是補體受體家族中的重要一員,具有廣泛的生物學功能,包括分子識別、黏附和貯存抗原、抑制補體的激活、清除循環(huán)血中免疫復合物、免疫調理吞噬等多種生物學效應。不同疾病情況下,機體紅細胞CR1數(shù)量及活性存在不同程度的變化,其基因多態(tài)性分布與不同疾病的易感性存在密切相關。CR1基因位于1號染色體長臂上,CR1基因存在多個位點的SNP,這種基因多態(tài)性與瘧疾、阿耳茨海默病、大腦淀粉樣血管病、膽囊癌、冠狀動脈疾病、特發(fā)性肺纖維化、肉狀瘤病等疾病的相關性已成為國內外學者研究的熱點。因此,正確分析和闡明CR1基因多態(tài)性在不同種族和地域人群中的分布特點,能為其在不同人群中與某些疾病發(fā)生、發(fā)展間的關系提供分子遺傳學基礎。
本研究用TaqMan探針熒光定量PCR分型技術和DNA測序法檢測廣西壯族人的CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A位點多態(tài)性的分布情況,結果顯示,在所觀察的人群中,rs2296160C/T位點表現(xiàn)出CC、CT和TT3種基因型,以CC型(44.9%)最為常見,其等位基因以C(67.3%)最為常見;rs2274567G/A位點也表現(xiàn)出GG、GA和AA3種基因型,以GA型(49.7%)最為常見,其等位基因以A(53.1%)多見;rs4844600G/A位點也表現(xiàn)出GG、GA和AA3種基因型,以GA型(47.7%)最為常見,其等位基因以G(61.6%)多見。以上3種位點基因多態(tài)性的基因型和等位基因頻率在男、女性別間比較均無統(tǒng)計學差異(P>0.05)。將本研究結果與歐洲、非洲等人群基因多態(tài)性研究結果比較顯示,廣西百色地區(qū)壯族人群中CR1基因rs2296160C/T位點T等位基因頻率為32.7%,顯著高于歐洲人的24.6%(P<0.05)和非洲人的14.2%(P<0.05);rs2274567G/A位點A等位基因頻率為53.1%,顯著高于歐洲人的12.8%P<0.05)和非洲人的23.5%(P<0.05);rs4844600G/A位點G等位基因頻率為61.6%,顯著低于歐洲人的75.0%(P<0.05)和非洲人的97.8%(P<0.05)。本研究結果與日本及北京等亞洲人群比較差異無統(tǒng)計學意義(P>0.05)。可見CR1基因型分布及等位基因頻率在不同種族間存在著明顯的差異。這一結果符合遺傳學規(guī)律,即親緣關系越近,其基因型分布越相似,反之則差異越顯著。
綜上所述,對廣西百色地區(qū)壯族人群CR1基因rs2296160C/T、rs2274567G/A和rs4844600G/A位點的多態(tài)性研究,不僅有利于認識臨床上與CR1基因相關的多種疾病在不同種族和地域表現(xiàn)出來的差異,而且為進一步的人類學及群體遺傳學的研究和基因多態(tài)性普查奠定了實驗基礎,并為進行疾病前瞻性研究提供了重要的分子遺傳學數(shù)據(jù)。
作者:羅斌陳文成王俊利王春芳農樂根單位:右江民族醫(yī)學院附屬醫(yī)院檢驗科