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電算化會計系統的內部控制，從計算機會計系統的建立和運行過程來看，可分為對系統開發和實施的系統發展控制、對計算機會計系統各個部門的管理控制、對計算機會計系統日常運行過程的日常控制。

一、系統開發、發展控制

計算機會計系統的系統開發、發展控制包括開發前的可行性研究、資本預算、經濟效益評估等工作，開發過程中系統分析、系統設計、系統實施等工作，以及對現有系統的評估、企業發展需求，系統更新的可行性研究，更新方案的決策等工作。系統開發、發展控制的主要內容一般包括以下幾方面。

（一）授權和領導認可。計算機會計系統的開發和發展必需經過有關領導的認可和授權，這關系到系統開發、發展、更新等項目的成敗。計算機會計系統的開發項目一般投資金額都比較大，對企業整體管理目標的影響也比較大，往往需要對原有的管理體制進行較大的改革，是牽一發動全身的重大舉措，因此必需得到授權和領導認可。

（二）符合標準和規范。計算機會計系統的開發和發展項目，不論是自行組織開發還是購買商品化軟件，都必需遵循國家有關機關和部門制訂的標準和規范。其中包括符合標準和規范的開發和審批過程、合格的開發人員或軟件制造商、系統的文件資料和流程圖、系統各功能模塊的設計等等。

（三）人員培訓。計算機會計系統應在開發階段就要對使用該系統的有關人員進行培訓，提高這些人員對系統的認識和理解，以減少系統運行后出錯的可能性。外購的商品化軟件應要求軟件制作公司提供足夠的培訓機會和時間。

（四）系統轉換。新的計算機會計系統在投入使用，替換原有的手工會計系統或舊的計算機會計系統，必需經過一定的轉換程序。企業應在系統轉換之際，采取有效的控制手段，作好各項轉換的準備工作。

（五）程序修改控制。企業經營活動變化及經營環境變化，可能導致使用中的軟件進行修改，計算機會計系統經過一段時期的使用也會發現一些需要進行修改的地方，因此，軟件的修改是難以避免的。

二、管理控制

管理控制是指企業建立起一整套內部控制制度，以加強和完善對計算機會計系統涉及的各個部門和人員的管理和控制。管理控制包括組織機構的設置、責任劃分、上機管理、檔案管理、設備管理等等。

（一）組織機構設置。企業可以按會計數據的不同形態，劃分為數據收集輸入組、數據處理組和會計信息分析組等組室；也可以按會計崗位和工作職責劃分為計算機會計主管、軟件操作、審核記帳、電算維護、電算審查、數據分析等崗位。

（二）職責劃分。內部控制的關鍵之點就在于不相容職務的分離。在計算機會計系統中，不相容的職務主要有系統開發、發展的職務與系統操作的職務；數據維護管理職務與電算審核職務；數據錄入職務與審核記帳職務；系統操作的職務與系統檔案管理職務等。

（三）上機管理。一般來講，企業對用于計算機會計系統的計算機的上機管理措施應包括輪流值班制度、上機記錄制度、完善的操作手冊、上機時間安排等，此外，會計軟件也應該有完備的操作日志文件。

（四）檔案管理。一個合理完善的檔案管理制度一般有合格的檔案管理人員、完善的資料借用和歸還手續、完善的標簽和索引方法、安全可靠的檔案保管設備等。

（五）設備管理。對于用于計算機會計系統的各種硬件設備，應當建立一套完備的管理制度以保證設備的完好，保證設備能夠正常運行。硬件設備的管理包括對設備所處的環境進行的溫度、濕度、防火、防雷擊、防靜電等的控制，也包括對人文環境的控制。

三、日常控制

日常控制是指企業計算機會計系統運行過程中的經常性控制。日常控制包括經濟業務發生控制、數據輸入控制、數據通訊控制、數據處理控制、數據輸出控制和數據儲存控制等。

（一）業務發生控制。業務發生控制又稱"程序檢查"，主要目的是采用相應的控制程序，甄別、拒納各種無效的、不合理的及不完整的經濟業務。

（二）數據輸入控制。企業應該建立起一整套內部控制制度以便對輸入的數據進行嚴格的控制，保證數據輸入的準確性。

（三）數據通訊控制。數據通訊控制是企業為了防止數據在傳輸過程中發生錯誤、丟失、泄密等事故的發生而采取的內部控制措施。企業應該采用各種技術手段以保證數據在傳輸過程中的準確、安全、可靠。

（四）數據處理控制。數據處理控制分為有效性控制和文件控制。有效性控制包括數字的核對、對字段、記錄的長度檢查、代碼和數值有效范圍的檢查、記錄總數的檢查等。文件檢查包括檢查文件長度、檢查文件的標識、檢查文件是否被感染病毒等。

（五）數據輸出控制。輸出數據控制一般應檢查輸出數據是否與輸入數據相一致，輸出數據是否完整，輸出數據是否能滿足使用部門的需要，數據的發送對象、份數應有明確的規定，要建立標準化的報告編號、收發、保管工作等。

（六）數據存儲和檢索控制。為了確保計算機會計系統產生的數據和信息被適當地儲存，便于調用、更新和檢索，企業應當對儲存數據的各種磁盤或光盤作好必要的標號，文件的修改、更新等操作都應附有修改通知書、更新通知書等書面授權證明，對整個修改更新過程都應作好登記，計算機會計系統應具有必要的自動記錄能力，以便業務人員或審計人員查詢或跟蹤檢查。