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隨著改革開放的推進和國民經濟的不斷發展，現行內外兩套企業所得稅法對內外資企業給予區別對待，致使兩者稅負不公，不利于企業的公平競爭，嚴重影響了經濟的良性發展；同時，我國加入WTO后，繼續實行有區別的稅收法律制度，明顯違背了WTO的國民待遇原則和公平競爭原則，不利于我國與國際接軌，而且會阻礙我國與其他國家的交流和合作，影響經濟和社會的全面進步。
內外資企業所得稅的合并，不是將內、外資企業所得稅法進行簡單的嫁接，其中涉及到一系列的政策調整，既要遵循國際慣例，又要符合本國國情。就我國現行的兩個企業所得稅法而言，應該說《外商投資企業和外國企業所得稅法》較為成熟，該法參照國際慣例，借鑒了國外企業法人所得稅的一些行之有效的做法，較好地適應了我國改革開放和外資企業發展的需要，并已經在全國人大立法，并在實踐中取得了較好的效果，所以“兩稅合一”的立法應將適用內資企業的《企業所得稅暫行條例》向《外商投資企業和外國企業所得稅法》靠攏，同時保留《企業所得稅暫行條例》中的符合我國國情、易于操作、行之有效的內容，結合在建立現代企業制度中出現的企業改制、并購重組的新情況，使我國的企業所得稅法朝著科學化、法制化和國際化的方向邁進。具體說來，可以從以下幾個方面入手：
一、統一企業所得稅的納稅人
宜采用以法人作為納稅人的基本原則。一方面可以與自然人相對應，使之與個人所得稅涵蓋全社會不同性質的企業、單位和個人相對應；另一方面我國現行的法律法規為“法人”的界定打下了堅實的基礎，為稅務機關征稅時確定納稅人提供了十分有利的條件。
二、建立獨立的所得稅會計制度，統一規范所得稅稅基
在規范稅基之前應建立獨立的所得稅會計制度，在方法和標準上做出具體明確的規定，統一稅前扣除范圍和標準，規范工資、捐款、利息、支出以及呆帳準備金的提取等項規定。凡是與生產、經營有關的合理的借款利息在提供完整的憑證后都應當準予列支；統一計稅工資標準；對公益性捐贈支出，統一按照一定標準從收入中扣除；在資產的稅務處理方面，應明確固定資產折舊年限由所得稅會計制度決定，允許符合條件的所有企業采取加速折舊法，以鼓勵投資和企業技術進步，同時，把固定資產殘值率統一規定為不得高于原值的一個標準如10%。
三、確定一個中等偏低的稅率
我國現行的所得稅稅率為33%，世界上其他國家的所得稅稅率大多在25%-45%之間，由于我國流轉稅負高，企業利潤水平低，所以法定稅率在25%-27%之間最合適，一是與我國現行內資企業所得稅稅負大體相當；二是略低于周邊國家和地區，有利于吸引外資；三是國家財政可以承受。同時還可以考慮仿照現行企業所得稅，設置1-2個低稅率，如年應稅所得額3萬元以下的16%，3-10萬元的20%。
四、統一稅收優惠政策
稅收優惠問題是合并企業所得稅遇到的最大難點問題。這一政策的選擇和實施，不僅影響到國家財政收入和企業實際稅負，更關系到經濟穩定和資源合理配置，也是內、外資企業稅負差異的主要原因。統一內外資企業所得稅優惠政策有利于與國際接軌，全面提高我國的對外開放水平，有利于公平稅負、公平競爭，增強國內企業在國際上的競爭力。統一稅收優惠政策，具體包括：
1、優惠的導向應該單一直觀，最大限度的給企業營造公平競爭的市場環境。給外商以國民待遇，這樣，在優惠區域相應擴大的條件下，不會對外商投資環境產生較大影響，也有利于保護內資企業，增強其競爭力。同時，取消對校辦企業和民政福利企業等實施的照顧性、扶持性的稅收優惠政策，改由國家財政支出解決。
2、統一后的稅收優惠政策應該轉移到以產業發展導向為主，區域發展導向為輔的方針上來，并兼顧西部大開發和振興東北老工業基地的需要，加大對基礎產業、基礎設施、高新技術產業、環保產業、產品出口企業以及其他急需發展的產業和項目的投資。除保留海南、深圳等四個經濟特區、中西部地區和東北老工業基地的特殊產業的特殊政策，其他地區一律實行統一的優惠政策，地方政府不得自行越權優惠。
3、改變稅收優惠方式，從以直接優惠為主轉向以間接優惠為主。目前國際上普遍實行的稅收優惠政策主要是加速折舊、投資抵免、延期納稅、虧損轉結、再投資優惠等間接優惠方式；我國雖然也有部分間接優惠的稅收優惠政策，但是仍然采取的是以稅率減免和稅額減免等直接減免為主的優惠方式。間接優惠主要是調節稅款入庫的時間，優惠方式從直接優惠為主轉向間接優惠為主，宏觀效果要好于直接減免，既不會影響國家的財政收入，又保持了稅收的中性作用。
4、將稅收優惠納入預算控制，實行稅式支出制度。實行稅式支出管理制度，有利于加強對各種稅收優惠的管理，增加國家財政收入，并把稅式支出的范圍和規模控制在國家財力承受的限度內；有利于政府在稅式支出與財政直接支出間進行比較，選擇較為恰當或最佳的財政支出形式；有利于政府正確評價各種稅收優惠的實際效果，確定切合實際的改進措施，提高稅收優惠政策的效率和透明度；同時，也有利于完善政府財政預算制度