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一、基本原則
堅持以收定支，保障適度，略有節余的原則；保持相對穩定，不斷完善，充分體現互助共濟，堅持大病統籌為主，兼顧受益面，采取住院統籌和門診統籌相結合的基本原則。
二、補償基金使用范圍
住院補償基金只能用于參合農民住院醫療費用、特殊門診醫療費用和符合政策生育的孕產婦住院分娩的補償，不得用于農民的健康體檢、計劃免疫、預防保健、健康教育等公共衛生服務和醫療救助和按有關規定不屬于新農合補償范籌的補償等。
三、基金籌集
省級財政（含中央）對每位參合農民每年資助金額為96元、區級財政對每位參合農民每年資助金額為24元、農民個人繳費標準每人每年30元，農村低保戶、五保戶、重點優撫對象、“五老”和計生“二女扎”戶參加合作醫療個人繳費部分由區財政配套。
四、基金分配
新農合的基金分三個部分，即風險基金、住院補償基金和門診統籌基金。基金分配是籌資總額扣除風險基金后，分別按住院統籌基金80%，門診統籌基金20%的比例設立，在補償過程中住院統籌基金與門診統籌基金可調濟使用。基金累計結余達到當年籌資總額10%的，按當年籌資總額分別設立住院統籌基金和門診統籌基金，統籌基金累計結余應不超過當年籌集的統籌基金總額的25%，其中當年統籌基金結余應不超過當年籌集的統籌基金總額的15%（含風險基金）。年度基金結余率過高時，將有針對性的調整補償方案，實施二次補償。
（一）風險基金。風險基金是從新農合基金中提取和新農合基金結余中劃轉的用于彌補新農合基金非正常超支的專項儲備資金。風險基金每年從籌集的新農合基金總額中按3%的比例提取，基金結余部份可以按結余資金的50%劃入風險基金。風險基金的規模應保持在年籌資總額的10%，達到規定的規模后，不再繼續提取。風險基金的管理按《省新型農村合作醫療基金管理暫行辦法》（財社〔〕35號）執行，動用風險基金要嚴格按照規定程序申請報批，任何組織和個人不得擠占挪用新農合結余基金（含風險基金），不得以結余基金抵充下一年度政府承諾的資助資金。
（二）住院補償基金。住院補償基金是從年度籌集基金總額中扣除風險基金部份，按80%提取用于對參合農民住院費用達到起付線標準的補償和大病補充補償及政策內住院分娩的補償。參保農民若整戶連續五年均未享受過新農合醫療基金補償，而且繼續參加新農合的，該戶成員在當年住院治療的，在享受正常補償的同時，其中一人住院治療還可享受其家庭所有參保成員連續五年個人所繳參保基金總額一次性用于支付由個人承擔的費用。
（三）門診統籌基金。門診統籌基金是從年度籌集基金總額中扣出風險基金后，按20%提取用于經區級及區級以上醫療機構明確診斷需要長期門診治療、年醫療費用較高，不需住院治療并列入新農合門診統籌補償的病種的補償。
五、補償設置
（一）住院補償
1、住院補償起付線
設立四級起付線，其中區內鄉鎮級定點醫療機構起付線為100元；區級及區內市級二甲定點醫療機構起付線為400元；區內市級三乙定點醫療機構起付線為800元；區內外非定點的公立醫療機構起付線為1000元。為了便于電腦操作，住院起付線全部從可補償部分扣除，起付線以下部分個人自付；私立醫療機構住院費用不予補償。
注：醫療機構區級指區人民醫院、婦幼保健院；市級二甲指市中醫院、康復醫院、明仁醫院、福州總院四四二醫院；市級三乙指市醫院。
2、住院補償比例
區內鄉鎮級（含南、北社區衛生服務中心）定點醫療機構補償比例為80%，區級定點醫療機構的補償比例為50%，區內市級二甲或三乙定點醫療機構補償比例為35%，轄區外公立醫療機構補償比例為30%，在計算參合農民的實際補償金額時，應將住院總費用減去不可補償費用和起付線金額后，再按規定的補償比例補償。
3、住院補償封頂線
當年住院醫藥費用補償總額封頂線為6萬元，以年內實際獲得補償金額累計計算；符合政策生育住院分娩的按正常住院補償；住院跨院檢查費用可補償部分封頂線為150元。
4、實行住院最低補償額
參合農民住院醫療費用可補部分達到起付線后，農民的每次最低補償額為30元。
5、實行區級無法診治的特大病種按區級補償標準補償
臂叢神經探查修補術、高位脊柱骨折或病變診治、腦血管夾層動脈瘤、小腦視網膜血管母細胞瘤、結核性腦及腦膜炎和各種肺外結核、部分門靜脈高壓的相關手術、產科嚴重并發癥等在區級定點醫療機構無法診治的特大病種，確需轉上級醫療機構住院的，經區合醫辦嚴格審查審批的，其住院費用可以按照區級定點醫療機構的補償標準予以補償。
6、實行重大疾病住院大額醫療費用補充補償工作。
重大疾病補充補償基金從新農合統籌基金中按照年人均3元的標準籌集，設立補充補償基金專戶，用于一個保障年度內住院統籌基金實際支付額達到最高支付限額的情況下，對于未納入補償范圍的住院可補償費用按50%比例補充補償，一個保障年度內最高補充補償封頂線為20萬元。
（二）特殊門診補償
1、特殊門診病種：⑴高血壓（Ⅱ期以上）；⑵糖尿病；⑶精神分裂癥；⑷癲癇病；⑸器官移植抗排異反應；⑹系統性紅斑狼瘡；⑺重癥尿毒癥透析；⑻惡性腫瘤放化療（含白血病）；⑼再生性障礙性貧血；⑽血友病；⑾兒童聽力障礙；⑿慢性心功能不全；⒀苯丙酮尿癥；⒁結核病的輔助治療；⒂支氣管哮喘。
2、特殊門診補償標準：特殊門診的補償設置補償比例和補償封頂線，特殊門診醫藥費全年補償總額封頂線為4000元，補償比例為40%。參合人員年度內同時患兩種及以上門診特殊病種的，選擇一種教高的封頂線進行補償，既住院又進行門診治療的，費用的補償分別計算。
1、定點醫療機構和區合管中心辦理補償手續時必須審驗醫療證、戶口簿、身份證和該年度繳費票據，姓名不符的不予補償。
2、參合農民到轄區內定點醫療機構就醫的，可自主選擇定點醫療機構，在“一卡通”未開通前可憑合作醫療證、戶口簿、身份證和當年繳費票據（特殊人群需提供有效證明,住院分娩的還需提供準生證、出生證原件復印件）在區內定點醫療機構就醫就診，出院時及時辦理出院手續，即可在定點醫療機構新農合窗口按規定得到補償。
3、參合農民到轄區外公立醫療機構住院的，在“一卡通”未開通前要在本年度結束時憑醫療機構提供的疾病證明書、有效住院發票、住院費用匯總清單、出院小結、醫囑單復印件（以上材料必須加蓋醫院公章）和醫療證、當年繳費票據、身份證、戶口簿（住院分娩的需提供準生證、出生證原件和復印件）到區合管中心辦理補償手續，領取補償款，超過期限視為主動放棄補償。
4、參合農民到區外就醫或轉外就醫的必須在七天內向區合醫辦報案登記并辦理轉外就醫手續后方可補償；外傷住院治療的患者必須在三天內向區合醫辦報案登記，并填報外傷性質鑒定審批表，經區合醫辦鑒定審批后方可補償，超過報案期限未報案的不予補償。
5、對參加了商業保險的參合農民，出院后既要商業保險賠付又要新農合補償時，參合農民可將住院發票原件交商業保險公司履行賠付手續，新農合報帳使用商業保險公司提供的注明“原件已核銷，該原件與復印件相符”并加蓋保險公司公章的發票復印件和賠付清單原件對參合農民進行補償。
6、特殊門診補償由區級以上公立醫療機構符合條件的醫務人員確診并出具診斷證明書，由患者填報《新型農村合作醫療門診統籌補償資格審批表》，醫務人員簽注意見，并經區新農合經辦機構審批，確認為當年度特殊病種補償的對象，由參合農民自主選擇1-2家區內定點醫療機構治療，需在區外公立醫療機構或需要在多家定點醫療機構門診治療的特殊病種患者，需報區新農合經辦機構審批才可補償，未經審批的不予補償，參合患者在辦理門診特殊病種補償時，應提供合作醫療證、門診特殊病種申請審批表、門診醫藥費用發票、藥品費用總清單、門診疾病診斷證明書（加蓋醫院公章）到就醫定點醫療機構新農合窗口辦理補償手續。在區外公立醫療機構就診的特殊門診的憑以上材料到區合管中心辦理補償手續。特殊門診補償每季度結算一次。
7、參合農民跨年度住院治療的，需提供住院日清單，以公元自然年度為界，分年度補償。
六、監督管理
為了加強對新農合基金使用情況的監督管理，防止因工作失誤或弄虛作假，導致補償費用增加或新農合基金流失，區合醫辦和合管中心將不定期組織對各定點醫療機構檢查參合病人住院治療情況和補償情況。經查實，發現定點醫療機構和有關工作人員因工作失誤、弄虛作假或參合農民弄虛作假導致補償費用增加和新農合基金流失的，由承辦單位或相關責任人賠償基金損失，并視其情節給予取消定點醫療機構資格或參合農民參合資格，情節特別嚴重構成犯罪的，將移交司法機關處理。
七、本規定從年1月1日起施行，由區新型農村合作醫療管理委員會辦公室負責解釋。